토지거래허가구역 공장 매매 실제 사례, 소유주가 다를 때 거래 방법

이번 주 2026년 4월 13일 월요일에  거래금액이 26.5억이 되는  공장 매매 계약이 있었습니다.

토요일과 일요일 계약서 작성을 위해 공적장부와 건물, 토지 관련 서류를 검토하고 계약서에 특약을 정리했습니다.

토지는 개인 소유이고 건물은 법인 소유로 되어 있어서 계약서를 2부 작성해야 했고

또 도로 지분 중 한 필지가 아직 매도인 소유로 넘어오지 않는 필지가 있어 그 특약까지 정리하다 보니 챙길게 한두 가지가 아니었습니다.

그래서 오늘 포스팅은 이렇게 토지주와 건물주가 다르고 거래 토지 중 일부가 아직 타인 소유로 되어 있는 경우 어떻게 해야 하는지 진행한 내용을 공유하려고 합니다.

공장 내부

권리관계 확인

토지 소유주와 건물 소유주가 서로 다른 구조는 의외로 자주 만나는 구조입니다.

겉으로 보기에는 하나의 공장처럼 보이기 때문에 처음 문의하시는 분들은 “그냥 공장 한 채를 사면 되는 것 아닌가요?”라고 생각하시지만, 실제 현장에서는 그렇게 단순하지 않습니다.

 

건물은 법인으로 되어 있고 토지는 거래되는 토지를 매수해서 개발행위를 한 개인으로 되어 있는 경우였습니다.

매수인은 공장 전체를 인수한다고 생각하고 접근했지만, 등기사항전부증명서와 토지대장, 건축물대장, 토지이용계획확인서를 하나씩 맞춰보니 계약 구조를 처음부터 다시 설계해야 했습니다.

 

이런 경우 가장 먼저 해야 할 일은 “무엇을 누구에게서 매수하는 거래인지”를 명확히 구분하는 것입니다. 토지를 매수하는 것인지, 건물을 매수하는 것인지, 아니면 둘 다 동시에 매수하는 것인지부터 정리해야 합니다.

 

이 기본 정리가 안 되면 계약서 작성 단계에서 큰 문제가 생기고, 잔금 이후 사용권 문제나 명도 문제, 인허가 문제로 이어질 수 있습니다. 특히 토지거래허가구역 안에서는 일반 매매보다 행정 절차가 더 중요해지기 때문에, 권리관계 확인을 대충 하고 진행하면 계약금만 묶이는 상황도 충분히 생길 수 있습니다.

허가대상 판단

토지거래허가구역 안에 있는 물건은 단순히 매도인과 매수인이 서로 합의했다고 해서 바로 거래가 완성되는 것이 아닙니다. 

일정 면적 이상의 토지를 이전받는 경우에는 관할 관청의 토지거래허가를 받아야 하고, 허가를 받기 전 계약은 일반 거래처럼 완전히 확정된 매매로 보기 어렵습니다.

 

현장에서는 이 부분을 잘 모르고 “일단 계약부터 쓰고 나중에 허가받으면 되지 않나요?”라고 말씀하시는 경우가 많은데, 실제로는 허가를 전제로 한 조건부 구조로 매우 신중하게 접근해야 합니다.

 

이번 계약은 토지거래허가구역 내 공장으로 본계약 작성하기 전 계약을 전제로 한 확약서를 먼저 작성했습니다.

확약서 또한 토지와 건물 따로 2부를 작성했고 토지거래허가가 불허되는 경우 본 약정은 무효가 된다는 특약을 넣었습니다.

 

 관할 행정기관은 토지 면적, 용도지역, 취득 목적, 실제 이용 계획을 함께 검토하고, 공장 운영을 위한 취득인지 단순 투자성 취득인지를 보고 허가 여부를 경정합니다

 

따라서 이런 구조에서는 처음부터 허가가 필요한 거래인지, 허가 없이 가능한 면적인지, 허가 신청 시 어떤 사용계획서를 준비해야 하는지 먼저 판단해야 거래가 풀립니다.

계약구조 설계

토지와 건물 소유주가 다른 공장은 계약 구조를 어떻게 짜느냐에 따라 거래 성패가 갈립니다.

가장 이상적인 방법은 토지 소유주와 건물 소유주가 함께 매도인으로 참여하여, 매수인이 토지와 건물을 동시에 취득하는 구조로 정리하는 것입니다.

실제 현장에서도 이 방식이 가장 깔끔하고 분쟁 가능성이 적습니다. 왜냐하면 공장은 토지와 건물이 함께 기능해야 하는데, 둘 중 하나만 취득하면 사용권이 완전히 정리되지 않기 때문입니다.

 

예를 들어 건물만 샀는데 토지를 계속 임차해야 하는 구조라면, 임대차 기간 종료 후 사용 지속 여부가 문제가 될 수 있고, 반대로 토지만 샀는데 건물 소유권이 다른 사람에게 남아 있으면 철거, 이전, 사용료 정산 같은 복잡한 문제가 따라옵니다.

 

제가 진행했던 사례에서는 처음에는 건물주와만 계약하려고 했던 매수인이 있었습니다. 하지만 검토해 보니 토지 소유주의 협조 없이는 금융 진행도 어렵고, 향후 증축이나 용도변경, 담보 설정에서도 장애가 생길 가능성이 컸습니다.

그래서 결국 토지주와 건물주를 동시에 협상 테이블에 앉히고, 하나의 전체 거래로 구조를 다시 잡았습니다. 계약서도 단순 매매계약서 한 장으로 끝내지 않고, 토지거래허가 조건, 허가 불허 시 계약 처리, 잔금 지급 시점, 소유권이전서류 제출 순서, 점유 이전 기준일까지 세밀하게 넣어 정리했습니다.

이런 거래는 서류한 줄 차이로 분쟁이 생기기 때문에, 처음부터 계약구조를 명확하게 설계하는 것이 핵심입니다.

주의할 위험요소

이런 거래에서 가장 많이 놓치는 부분은 “지금까지 잘 써왔으니 앞으로도 문제없다”는 생각입니다. 그러나 부동산 거래에서는 과거의 사용 관행보다 현재의 권리 정리가 더 중요합니다. 토지와 건물 소유주가 다른 상태에서 공장을 매수하면, 매수 이후 건물 사용 권한, 토지 점유 권한, 지상물 처리 문제, 담보대출 가능 여부, 추후 재매각 가능성까지 전부 영향을 받습니다.

 

 특히 토지만 허가를 받아 이전하고 건물은 나중에 정리하겠다고 접근하는 경우, 실제로는 건물 사용관계가 불안정해져 매수인이 예상하지 못한 갈등을 겪을 수 있습니다. 반대로 건물만 먼저 넘겨받는 경우에도 토지에 대한 적법한 사용 근거가 약하면 사업 운영 자체가 흔들릴 수 있습니다.

 

 실무상 또 하나 중요한 점은 금융기관의 시각입니다. 대출은 단순히 감정가만 보는 것이 아니라 권리관계 안정성도 중요하게 보기 때문에, 토지와 건물이 분리된 상태는 심사에서 불리하게 작용할 수 있습니다.

 

게다가 토지거래허가구역에서는 취득 목적에 맞는 이용이 중요하므로, 서류상 구조와 실제 사용 구조가 어긋나면 허가 단계에서도 설명이 어려워질 수 있습니다. 

 

또한 이번 거래 물건은 신축 건물로 건물과 토지가 상린관계에 있다는 부분을 강조하고 건물에 대한 모든 특약이 토지에도 적용되는 부분과 토지에 대한 특약 또한 건물계약에도 적용되는 부분을 강조하면서 계약 특약을 작성해 매도인과 매수인 양측의 동의를 얻었습니다.

안전한 거래원칙

토지거래허가구역 내에서 공장 토지와 건물 소유주가 다른 물건을 매매할 때는 몇 가지 원칙만 분명히 지켜도 사고 가능성을 크게 줄일 수 있습니다. 

 

첫째, 토지와 건물의 권리관계를 반드시 분리해서 확인하셔야 합니다. 등기부, 대장, 실제 점유 상태가 모두 맞는지 확인하지 않으면 눈에 보이지 않는 위험을 놓치게 됩니다. 

둘째, 가능하면 토지와 건물을 동시에 취득하는 구조로 협의하시는 것이 좋습니다. 매수인 입장에서 가장 안정적이고, 추후 운영과 처분도 훨씬 수월합니다. 

셋째, 토지거래허가 여부를 계약 전에 충분히 검토하고, 허가를 전제로 한 특약을 명확히 넣어야 합니다. 

넷째, 실제 공장 운영 계획과 취득 목적을 분명히 준비하셔야 합니다. 허가구역에서는 단순한 말보다 구체적인 이용 계획이 중요합니다. 

다섯째, 가족 간 소유 분리나 오래된 사용 관행이 있다고 해서 이를 당연하게 보지 말아야 합니다. 매수인에게 안전한 권리 이전이 가능한지가 핵심입니다.

 

 제 경험상 이런 거래는 일반 공장 매매보다 시간이 조금 더 걸리더라도, 처음 구조를 제대로 잡아 놓으면 나중에 큰 분쟁을 막을 수 있었습니다. 결국 좋은 거래는 빠른 거래가 아니라, 나중에 문제가 남지 않는 거래입니다. 공장 매매는 금액도 크고 사업과 직접 연결되는 만큼, 특히 토지거래허가구역 안에서는 “누가 무엇을 어떻게 넘기는지”를 끝까지 분명하게 확인하시는 것이 가장 안전합니다.