부동산 거래 시 건물가액과 토지가액 정하는 방법

산업형 부동산을 중개하다 보면 매도인과 매수인간 건물가액을 정하는 부분 때문에 이견이 발생하는 경우가 종종 있습니다.

건물가액은 대부분 매도인이 결정하고 그에 따라 매수인은 건물분 부가세를 매매가 이외 더 추가로 준비를 해야 합니다.

그래서 오늘은 건물가액 산정에 대해 포스팅하겠습니다.

 

공장 거래 시 총 매매대금을 토지와 건물 가액으로 어떻게 나누느냐는 부가가치세(VAT) 납부액과 향후 소득세/법인세(감가상각 및 양도차익)에 직접적인 영향을 미치기 때문에 매도인과 매수인의 이해관계가 엇갈리는 핵심 포인트입니다.

 

기본적으로 토지는 부가가치세 면세 대상이고, 건물은 부가가치세 과세 대상입니다. 

이 원칙을 바탕으로 양측의 입장을 비교해 보겠습니다.

 1. 가액구분

토지와 건물이 함께 있는 공장, 상가, 창고, 단독주택 등을 매매할 때는 전체 매매가격만 정하는 것으로 끝나지 않습니다. 

매매대금 중 얼마를 토지가액으로 보고 얼마를 건물가액으로 볼 것인지 구분해야 합니다. 

 

중개 현장에서 계약서를 작성하다 보면 매도인은 건물가액을 낮추려 하고, 매수인은 건물가액을 높이려는 경우가 적지 않습니다. 

이는 단순한 가격 협상의 문제가 아니라 부가가치세, 양도소득세, 법인세, 취득세와 직접 연결되기 때문입니다. 

 

원칙적으로는 매도인과 매수인이 실제 협의를 통해 토지와 건물의 거래가액을 정할 수 있습니다. 다만 계약서에 숫자를 적었다는 이유만으로 모두 인정되는 것은 아닙니다. 거래 당시의 건물 상태, 사용연수, 임대수익, 감정가액, 기준시가 등에 비추어 합리적인 금액이어야 합니다. 법원도 계약서상 가액이 구분되어 있더라도 진정한 합의가 아니거나 통상적인 거래관행을 현저히 벗어난 경우에는 가액 구분이 불분명한 것으로 볼 수 있다고 판단하고 있습니다.

2. 세금차이

토지가액과 건물가액을 구분하는 가장 큰 이유는 부가가치세 때문입니다. 

 

토지의 공급은 원칙적으로 부가가치세가 면제되지만, 사업자가 사업용 공장이나 상가 등의 건물을 양도하는 거래는 건물가액에 부가가치세가 발생할 수 있습니다. 

 

 예를 들면 전체 매매가격이 12억 원이라고 하더라도 토지가액이 9억 원이고 건물가액이 3억 원이라면, 계약서에서 부가가치세를 별도로 정한 경우 매수인이 추가로 부담할 건물분 부가가치세는 3천만 원이 됩니다.

 

반대로 건물가액을 지나치게 낮게 정하면 매도인의 부가가치세 부담은 줄어들 수 있지만, 세무서에서 부당한 안분으로 판단하여 건물가액을 다시 계산할 수 있습니다.

 

현행 부가가치세법은 당사자가 구분한 토지·건물가액이 대통령령에 따른 안분금액과 30% 이상 차이가 나는 경우 일정한 예외를 제외하고 법정 안분금액을 적용할 수 있도록 정하고 있습니다.

 

2026년 법원 판결에서도 이러한 30% 차이 기준에 따른 재계산이 적법하다고 판단된 사례가 확인됩니다.

3. 산정기준

일반적인 공장이나 상가 거래에서는 토지는 개별공시지가를 기준가액으로 사용하고, 건물은 국세청 건물 기준시가 또는 지방세 시가표준액을 확인하여 비율을 계산합니다.

 

국세청은 꼼수 탈세를 막기 위해 기준을 정하고 있고 국세청이 정한 기준시가에 따른 비율과 30%이상 차이가 나면 협의된 금액을 인정하지 않고 국세청 기준시가 비율대로 세금을 직권 재계산하여 추징하기도 합니다.

따라서 반드시 세무사와 사전 시뮬레시션을 거쳐 30% 오차 범위 내에서 유리한 타협점을 찾아야 합니다.

4. 현장계산

실제 상담했던 공장 매매 사례를 기준으로 계산해 보겠습니다. 

전체 매매가격은 12억 원이고, 토지 개별공시지가 합계는 427,194,000원, 건물 기준가액은 179,431,349원이었습니다. 

두 기준가액의 합계는 606,625,349원이며, 이를 비율로 나누면 토지는 약 70.4214%, 건물은 약 29.5786%가 됩니다.

 매매가격 12억 원을 부가가치세 별도의 공급가액으로 정하면 토지가액은 약 845,056,674원, 건물가액은 약 354,943,326원이 됩니다. 

건물분 부가가치세는 약 35,494,333원이므로 매수인의 실제 지급총액은 약 1,235,494,333원이 됩니다. 반면 당사자가 말한 12억 원 안에 건물분 부가가치세까지 모두 포함되어 있다면 계산이 달라집니다.

 

 이 경우 토지가액은 약 820,779,167원, 건물 공급가액은 약 344,746,212원, 부가가치세는 약 34,474,621원으로 나누어야 총액 12억 원이 맞습니다. 그래서 계약서에는 반드시 ‘매매대금 12억 원, 건물분 부가가치세 별도’인지 ‘부가가치세 포함’인지 명확하게 적어야 합니다.

5. 계약특약

공장이나 상가 계약에서 가장 위험한 문구는 단순히 “부가가치세 별도”라고만 적는 것입니다. 

어떤 금액을 건물 공급가액으로 보는지 정하지 않으면 잔금일에 매도인과 매수인의 계산이 달라질 수 있습니다. 

 

실무에서는 “총 매매대금은 금 12억 원으로 하며, 토지가액은 금 ○원, 건물 공급가액은 금 ○원으로 한다. 건물 공급가액에 대한 부가가치세 금 ○원은 매매대금과 별도로 매수인이 부담하고, 매도인은 잔금 수령과 동시에 적법한 세금계산서를 발급한다”는 내용을 구체적으로 기재하는 것이 좋습니다. 

 

포괄양수도 거래를 검토하는 경우에도 계약서에 포괄양수도라고 적는 것만으로 부가가치세가 당연히 면제되는 것은 아닙니다. 

임대보증금, 임차인, 사업용 자산, 채권·채무와 사업의 동일성이 실제로 승계되는지를 별도로 검토해야 합니다. 

또한 계약서의 토지·건물가액, 부동산거래계약 신고 내용, 세금계산서 공급가액, 매도인의 양도소득세 또는 법인세 신고 내용이 서로 다르면 세무 검증 과정에서 문제가 될 가능성이 커집니다.

6. 최종점검

토지와 건물가액을 정할 때 가장 좋은 방법은 매도인에게 유리한 금액이나 매수인에게 유리한 금액을 먼저 정하는 것이 아니라 객관적인 안분가액을 먼저 계산한 뒤, 실제 건물의 경제적 가치를 반영하여 조정하는 것입니다. 

 

준공된 지 얼마 되지 않은 신축공장, 대형 크레인이나 수전설비가 설치된 공장, 임대수익이 안정적인 상가는 기준시가보다 건물의 실제 가치가 높을 수 있습니다. 

 

반대로 노후화가 심하거나 철거가 예정된 건물은 건물가액을 낮게 평가할 합리적인 이유가 있을 수 있습니다. 

다만 이런 조정 사유는 건축물대장, 감정평가서, 시설물 목록, 건물 상태 사진, 임대차계약서 등으로 설명할 수 있어야 합니다. 

계약 전에는 

첫째 매도인이 부가가치세 과세사업자인지, 

둘째 거래가액이 부가세 포함인지 별도인지, 

셋째 토지와 건물의 기준가액 비율이 얼마인지, 

넷째 계약서상 금액이 법정 안분액과 지나치게 차이 나지 않는지, 

다섯째 세금계산서 발급 대상인지 확인해야 합니다. 

금액이 크거나 법인·개인 간 거래, 특수관계인 거래, 포괄양수도 거래라면 계약 전에 세무사의 서면 검토를 받아 두는 것이 가장 안전합니다.